Для этого понадобятся следующие программы:
MKVcleaver - для демукса mkv.
BeHappy - для транскодирования дорожки в wav и её качественный downmix.
MAGIX Sound Forge Pro - для нормализации и кодирования дорожки в AAC.
MKVToolNix - для добавления созданной дорожки в mkv.
1. Открываем mkv с помощью MKVcleaver и извлекаем дорожку (ac3 или dts).

2. Открываем извлечённую дорожку в BeHappy, выбираем необходимый кодек (NicAc3Source для ac3; NicDtsSource для dts), отмечаем галочкой "Downmix", нажимаем кнопку "Configure" и выбираем DPL II (downmix в стерео по схеме Pro Logic II - псевдо 5.0, выделяются центральный, тыловой и LFE каналы).

Нажимаем кнопку "Engueue", в появившемся окне нажимаем кнопку "Start" и дожидаемся завершения задачи.

3. Открываем получившийся wav в MAGIX Sound Forge Pro, находим в меню "Process" -> "Normalize".

В появившемся окне выбираем пресет "Normalize RMS to -16 dB (Music) и нажимаем кнопку "OK".

После завершения процесса нормализации, сохраняем файл в AAC.

С битрейтом 160 Kbps, 48000 Hz.

4. Добавим дорожку в mkv с помощью MKVToolNix. Для этого добавляем mkv и нашу звуковую дорожку, выставляем в правом меню язык дорожки и жмём кнопку "Выполнить слияние".

Теперь можно комфортно смотреть фильм на стерео устройствах, в том числе на телефоне в наушниках.